Yəhudilərin üzləşdiyi başqa bir problem isə qövmü içindən parçalayan məzhəb ayrılıqları idi. Miladdan öncə II əsrə qədər yəhudilər arasında bir-biri ilə münaqişədə olan məzhəblərin olduğu məlum deyil. Lakin miladdan əvvəlki son əsrdə yəhudi cəmiyyəti arasında böyük bir parçalanma baş vermiş, yəhudiliyin təməli və həqiqi mənası mövzusunda bir çox müxtəlif baxışlar ortaya çıxmışdı. Bu məzhəblərin inkişaf etməsində Əhdi-Ətiq kitablarının və dini qaydaların müxtəlif şəkildə izah edilməsindən savayı siyasi faktorlor, xüsusilə də Roma üsul-idarəsinin böyük rolu vardı. O dövrün yazılarına baxanda, xüsusilə də dövrün məşhur yəhudi tarixçisi Cozefus Flaviusun qeydlərinə diqqətlə nəzər yetirəndə yəhudi cəmiyyəti arasında çoxlu cərəyanların inkişaf etdiyini söyləmək olar. Müxtəlif cərəyanlar arasında cəmi dördü irəli çıxmışdı. Bunlardan biri Roma hakimiyyəti ilə uzlaşan və bu dövrün dəstəyi ilə hakim sinfi təşkil edərək yüksək səviyyədə yaşayan Saddukilərin yaratdığı cərəyandır.

Bu görüş daha çox varlı yəhudilər arasında geniş yayılmış və bir siyasi partiya görüşü kimi qəbul edilmişdi. Saddukilər dini qaydaları yalnız Əhdi-Ətiqin ilk beş kitabına görə müəyyən edir, bu kitabları yalnız texniki baxımdan izah edir, buna görə də ölümdən sonrakı həyat, cənnət və cəhənnəm kimi dinin əsas ünsürlərini qəbul etmirdilər. Saddukilərin qarşısında isə onların bu səhv görüşləri ilə mübarizə aparan, dini mövzularda saddukilərdən fərqlənən və daha sadə bir həyat tərzi keçirən "mühafizəkar" olan fəriseylər dayanırdı. İlk dəfə dindar yəhudilər tərəfindən yaradılan fəriseylər yəhudi dininin qorunmasında və müdafiəsində böyük rol oynamışdılar. Sonrakı dövrlərdə fəriseylər arasında da müxtəlif parçalanmalar baş vermişdi.

Başqa bir qrup isə Roma üsul-idarəsinə və sıx əlaqədə olan yəhudilərə qarşı silahlı mübarizə aparan zilotlardır. Bu siyasi cərəyanın tərəfdarları Allahın hakimiyyətinə zidd hərəkət etdiyini hesab edən əsas Roma və yəhudi idarəçilərə qarşı terror əməllərinə başlamış, sui-qəsd hadisələri törətmişdilər. Lakin bir müddət sonra onların başladığı bu üsyan hərəkatı qanlı şəkildə yatırılmışdı. Digər bir qrup isə 1947-ci ildə Ölü dənizdə tapılan Kumran kitabələri ilə məşhur olan, o dövrdə özlərini mağaralarda ibadətə və zikrə həsr edən essənilərdir. Bəzi tədqiqatçılara görə, essənilər dindar fəriseylərin bir qoludur. Sonrakı bölümlərdə də bəhs edəcəyimiz kimi, tədqiqatçıların çoxu essənilərin Hz.İsa ilə yaxından bağlı olması qənaətindədir. Bu fikirdə olan tədqiqatçılar xristianlığın təməlinin essənilərə əsaslandığını iddia edirlər.

Tarixi mənbələrə və İncildə olan izahatlara görə, Hz.İsa bu inkarçı və müşrik qruplarla çox böyük bir mübarizə aparmış, onlara hikmətli nümunələrlə Allahın dinini izah etmişdir. Buna görə də haqqında danışılan qrupların görüşlərini dəqiq şəkildə izah etmək o dövrün qarışıq şəraitini anlamaq baxımından əhəmiyyətli olacaq.